L'équipe salariée de l'association Nightline France est composée de 5 pôles : le pôle prévention, majoritairement composé de psychologues, le pôle analyse de projets et recherche, le pôle territoires, le pôle communication et le pôle finance et ressources humaines. A la tête de l'association, la déléguée générale et son adjointe travaillent au développement de l’association, et main dans la main avec le conseil d'administration.
Chaque pôle réunit des expertises spécifiques : santé mentale, communication, essaimage territorial, développement et gestion administrative. Le siège de l'association est situé à Paris, et le pôle territoires est réparti dans toute la France auprès des lignes d'écoute implantées dans les villes étudiantes. Les délégués territoriaux travaillent ainsi localement avec des équipes de volontaires en service civique et des bénévoles.
Les pôles collaborent quotidiennement ensemble dans un échange de compétences et une mutualisation fluide des expertises