Quelle est votre mission chez bioMérieux ?

Au sein du département Data Science, vous contribuerez à l’amélioration d’un pipeline d’identification de séquences bactériennes et fongiques issues de données NGS.  

Le stage portera sur l’enrichissement d'une base de données de séquences associée à un pipeline d'analyse métagénomique avec des espèces dites « environnementales ». Le but est d'affiner la précision de l'identification des espèces dans un échantillon biologique. Finalement, une étude d’impact permettra d’évaluer les effets de ces modifications sur les performances du pipeline, garantissant ainsi une amélioration des résultats.

Dans le cadre de ce stage, vous serez amené à :

• Utiliser des bases de données et outils publics,
• Utiliser une grille de calcul, un gestionnaire de version de code et de nombreux autres outils dédiés au développement selon les bonnes pratiques mises en place dans l’équipe,
• Interagir avec les différents acteurs du projet qu’ils soient bioinformaticiens, informaticiens ou microbiologistes

Mots-clés: base de données, métagénomique, NGS, étude d'impacts/performances

Description du profil :

Qui êtes-vous ?

• Vous êtes en formation de niveau BAC+3/+4 en bioinformatique (Ecole d’ingénieur ou Université),
• Vous faites preuve de rigueur et d’un sens de l’organisation,
• Vous avez déjà travaillé sous un environnement Unix,
• Vous êtes à l’aise avec la veille scientifique.

Ce stage est prévu pour une durée de 4 mois. Ce stage est basé à Marcy L’Etoile, site accessible en transports en commun via la ligne de bus 98 ou 98E de Gorge de Loup.