Quelle est votre mission chez bioMérieux ?

Au sein du département Data Science, vous contribuerez à l’amélioration d’un pipeline d’analyse en métagénomique ciblée. Le projet de recherche portera sur l’identification de variations génomiques spécifiques des espèces bactériennes et fongiques au sein des gènes/marqueurs ciblés. Le but est d’améliorer l’identification des espèces dans les échantillons et d’y associer un score de confiance.

• 1ère partie du stage: elle sera consacrée à l’identification et l’extraction des variations (SNV, MNV, indels, etc.) dans les séquences de marqueur.
• 2ème partie du stage: elle sera orientée vers le développement d’une méthode prenant en compte ces variations pour améliorer le pipeline d’analyse initial en terme d’identification des espèces et de score de confiance.

Dans le cadre de ce stage, vous serez amené à :

• Ecrire du code (Bash, Python)
• Utiliser une grille de calcul, un gestionnaire de version de code et de nombreux autres outils dédiés au développement selon les bonnes pratiques mises en place dans l’équipe
• Participer à la définition d’une stratégie d’amélioration des performances d’un produit

Vous évoluerez dans une équipe polyvalente et pluridisciplinaire entre bioinformatique, informatique et microbiologie au cours de votre stage.

Mots - clés: variants (SNV, indels), métagénomique ciblée , NGS, pipeline, performances

Description du profil :

Qui êtes-vous?

• Vous êtes actuellement en dernière année d’une formation BAC+5 type Master 2 en bioinformatique (Ecole d’ingénieur ou Université),
• Vous faites preuve de rigueur, d’autonomie et d’un sens de l’organisation,
• La maîtrise de l’environnement Unix est indispensable.

Ce stage est prévu pour une durée de 6 mois. Ce stage est basé à Marcy L’Etoile, site accessible en transports en commun via la ligne de bus 98 ou 98E de Gorge de Loup.