La direction de l'ANSSI est constituée d'un Directeur général nommé par la Première Ministre et d'un directeur général adjoint, assistés par un cabinet.
Sous-direction Administration (SDA) : assure en lien avec le SGDSN le soutien RH, budgétaire et logistique au profit de l’ensemble de ces métiers.
Sous-direction Expertise (SDE) : porte les missions de prévention, en veillant au développement d’acteurs privés compétents, en accompagnant les projets les plus critiques, et en développant de nombreuses actions dans le domaine de la formation.
Sous-direction Opérations (SDO) : est chargée de la réponse aux attaques, mais également de la connaissance de la menace et de l’état de nos réseaux ainsi que de la détection des attaques.
Sous-direction Stratégie (SDS) : assure une mission de coordination en lien avec de nombreux acteurs : services de l’état, collectivités, bénéficiaires et partenaires du monde privé, partenaires européens.