Les 900 salariés de l'association sont répartis entre le siège social situé à Paris et les 18 villages d'enfants SOS en France. Dans chaque village, une équipe pluridisciplinaire accompagne les enfants et prend l'ensemble des décisions les concernant. Ainsi, psychologues, éducateurs spécialisés, éducateurs scolaires, animateurs sont présents au quotidien aux côtés des enfants.
Au siège social, 90 salariés (fonctions supports, collecte de dons, plaidoyer etc) travaillent au quotidien pour permettre le bon fonctionnement des villages et la protection des enfants en France et dans le monde.